Núverandi hönnun flugstöðvarinnar er mörkuð af þeim miklu deilum sem hafa staðið um framtíð flugvallarins í Vatnsmýri. Miðja hússins er gamall braggi frá stríðsárunum sem búið er að byggja við í áföngum. Reykjavíkurflugvöllur stendur á landi í eigu ríkisins en borgin fer með skipulagsvaldið. Air Iceland Connect er eigandi flugstöðvarinnar og hefur unnið að áætlun um endurbætur í nokkurn tíma.

Flugstöðin mun ekki stækka mikið í fermetrum en farþegar munu finna fyrir nýjungum þar sem flæðið verður bætt til muna. Ekki liggur fyrir hvenær endurbæturnar verða að veruleika og er ekki búið að gera kostnaðaráætlun.
Hafði Air Iceland Connect unnið út frá gömlu samkomulagi um framtíð flugvallarins í Vatnsmýri frá árinu 2011. Seinna kom tillaga um að flugfarþegar færu í gegnum samgöngumiðstöð við BSÍ.

Hluti af þessum endurbótum felst í því að malbika bílastæðin við Reykjavíkurflugvöll. Eru hugmyndir um að setja þar gjaldskyldu til að standa undir kostnaði við framkvæmdir.
Í drögum að flugstefnu Íslands er gert ráð fyrir miðstöð innanlandsflugs í Vatnsmýri þar til annar jafn góður kostur eða betri er tilbúinn til notkunar.
„Við höfum allavega tekið á undanförnum árum ítrekað þátt í vinnu varðandi það að finna aðrar staðsetningar sem myndu henta. Það hefur ekki fundið enn sem komið er. Við erum auðvitað opin fyrir þeim möguleika ef að það yrði. Miðað við það sem við sjáum á borðinu í dag þá sé ég ekki framtíð innanlandsflugsins annars staðar en hér í Vatnsmýrinni,“ segir Árni.