Arsenal var með bakið upp við vegg eftir 2-1 tap á heimavelli í fyrri leik liðanna, en liði náði forystunn í leik dagsins strax á fimmtu mínútu þegar Christiane Endler varð fyrir því óláni að setja boltann í eigið net.
Gestirnir tóku svo forystuna í einvíginu í uppbótartíma fyrri hálfleiks með marki frá Mariona Caldentey og staðan því 2-0 í hálfleik.
Alessia Russo og Caitlin Foord bættu svo sínu markinu hvor við í síðari hálfleik áður en Daelle Melchie Dumornay minnkaði muninn fyrir Lyon á 81. mínútu.
Fleiri urðu mörkin þó ekki og niðurstaðan því 4-1 sigur Arsenal sem er á leið í úrslit Meistaradeildarinnar þar sem liðið mætir Barcelona.