Augsburg komst í 1-0 í leiknum en missti svo mann af velli með rautt spjald þegar 32 mínútur voru eftir að leiknum.
Harry Kane kom Bayern í 2-1 með skalla eftir sendingu Michael Olise á 60. mínútu leiksins. Tveimur mínútur fyrr hafði Augsburg maðurinn Cedric Zesiger fengið sitt annað gula spjald.
Dimitrios Giannoulis kom Augsburg í 1-0 á 30. mínútu og þannig var staðan þar til að Jamal Musiala jafnaði metin á 42. mínútu.
Kane skoraði þetta mikilvæga mark sitt og Leroy Sané innsiglaði síðan sigurinn með þriðja markinu í uppbótatíma leiksins.
Bæjarar eru með 68 stig eftir 28 leikir en Bayern Leverkusen er í öðru sæti með 59 stig eftir 27 leiki.
Harry Kane var þarna að skora sitt 23. deildarmark á leiktíðinni en hann er með sex marka forystu í baráttunni um markakóngstitilinn.